Boruto: Two Blue Vortex telah mengubah nada seri ini dan mengambil jalan yang jauh lebih gelap dari biasanya, tetapi bisa saja jauh lebih buruk berdasarkan pengungkapan baru-baru ini. Meskipun dunia sedang dalam krisis, hal itu tidak ada apa-apanya dibandingkan dengan apa yang bisa terjadi di bagian pertama seri ini menurut kemampuan baru yang rusak. MeskipunBorutoselalu memiliki elemen yang lebih gelap, sungguh mengejutkan melihat betapa gelapnya seri ini.
Di bab #13, pertemuan pertama Boruto dan Kashin Koji terungkap, dan aliansi mereka pun terbentuk. Di sinilah klon Jiraiya mengungkapkan bahwa ia telah membangkitkan Shinjutsu Prescience. Kemampuan ini memungkinkannya untuk melihat masa depan dan beberapa garis waktu tepat saat ia akan mati. Ia mengungkapkan bahwa ia meramalkan masa depan di mana Ishikki membunuh Naruto, bangkit kembali dalam tubuh Kawaki dan menanam pohon dewa . Masa depan lain yang mereka hindari adalah Kawaki membunuh Boruto dan Sarada pada hari Naruto disegel, yang menyebabkan Kawaki kalah dari Code dan pohon dewa ditanam.
Kashin Koji juga mengatakan skenario-skenario ini memiliki kemungkinan yang sangat tinggi untuk terjadi, dan bahwa ia melihatnya di beberapa linimasa. Lebih jauh, apa yang mencegah masa depan ini terjadi masih belum diketahui tetapi bisa jadi penting di kemudian hari. Ada beberapa kemungkinan yang cukup penting, seperti Kawaki yang memasuki kehidupan shinobi dengan mempelajari ninjutsu, yang sangat penting dalam mengalahkan Ishikki. Sarada yang turun tangan dalam pertarungan sebelum Kawaki membunuh Boruto juga merupakan alasan yang sangat mungkin mengapa Boruto masih hidup, karena Jurus Api: Bola Api miliknya menghentikan Kawaki untuk memberikan pukulan mematikan.Namun, garis pantainya tidak jelas, karena Boruto telah menekankan di awal seri bahwa sebuah bencana akan menimpa dunia. Inilah alasan mengapa dia sangat ingin menemukan tempat persembunyian Code, tetapi sudah terlambat karena para Shinju telah lahir dan Jura telah terbangun. Meskipun makhluk-makhluk ini sangat dahsyat, Kashin Koji mengatakan bahwa akan ada lebih banyak makhluk yang akan segera muncul, dan akhir dari bab ini menunjukkan hal ini. Lebih jauh, Jura seharusnya membunuh Boruto di banyak masa depan, dan untuk mempersiapkannya agar terhindar dari hal ini, Kashin Koji mengajarkan Boruto semua teknik yang akan dipelajarinya nanti , yang mempercepat pertumbuhannya.
